С разрушением римской империи на сцену выступают арабы и германские племена, среди которых распространяется просвещение и которые являются хранителями медицинских познаний. Халифы подражают Птолемеям в покровительстве наукам и учёным. Гарун-аль-Рашид устраивает в Багдаде школы, больницы и аптеки. Его сын Альмамон основывает в Багдаде Академию, призывает к себе из всех стран учёных. Школы устраиваются во многих местах: в Куфе, Басре, Бухаре и т. д. В Испании науки находят особенно благоприятную для себя почву. Хотя арабы и находились в условиях, по-видимому, особенно способствовавших развитию медицины, — господствовавшее рабство, фетишизм, мистицизм составили, однако, препятствие, о которое разбились стремления лучших арабских врачей. Последние лишь повторяли Галена и пристегивали к его воззрениям свои измышления, объясняли или переводили сочинения древних писателей и кое-когда присоединяли свои наблюдения.
Анатомии у арабов не существовало, ибо они не вскрывали трупов, для физиологии они не имели никакой опоры кроме Галена; при описании болезней и лекарств они имели случай наблюдать то, что выставляла сама жизнь, но их наблюдения отрывочны и неясны. Знаменитейшие из арабских медиков: Аарон (христианин), Бактишва (несколько врачей-несторян), Гонен, Абенгефит, Разес, Гали-Аббас, Авиценна, Абулказис, Авензоар, Аверроэс, Абдул-Латиф. В Византии М. разделяла судьбу остальных отраслей человеческого знания и влачила жалкое существование. Сочинения византийских врачей — жалкие компиляции. Из писателей достаточно упомянуть Актуария и Деметрия.
В Западной Европе царствовали мрак и невежество, науки находили немногих поклонников. В школах Германии, Англии, Галлии, начиная с IX в., преподавалась и медицина; лечением занимались монахи и светские люди. Самой знаменитой из врачебных школ в Средние века была Салернская. Сочинения этой Школы были приняты, как образцовые, в других училищах; особенной славой пользовалась гигиеническая поэма "Regimen Sanitatis". К Салернской школе принадлежали врачи из духовного и светского звания, также женщины; они заведовали больницами, сопровождали в походах армии и состояли при королях и принцах. Писатели Средних веков в Западной Европе, как и арабские, не отличаются самостоятельностью направления. Только с XIII в. у немногих представителей медицины замечается поворот и обнаруживается стремление изучать природу путем наблюдений и опытов. Таковы Арнольд де Вилланова и Роджер Бэкон. В XIV стол. начинается разработка анатомии на основании вскрытий и Мондини издает сочинение, содержащее точные изображения органов. До XV в. арабы царили в европейской медицине, так что даже сочинения Галена в Европе распространялись в переводах с арабского.
В средние века главным образом была развита практическая медицина, которой занимались банщики-цирюльники. Они делали кровопускания, вправляли суставы, ампутировали. Профессия банщика в общественном сознании ассоциировалась с «нечистыми» профессиями, связанными с больным человеческим телом, кровью, с трупами; на них долго лежала печать отверженности. В Позднее Средневековье авторитет банщика-цирюльника как практического лекаря стал возрастать, именно к ним чаще всего обращались больные. К мастерству банщика-лекаря предъявлялись высокие требования: он должен был в течение восьми лет пройти срок ученичества, сдать экзамен в присутствии старейшин цеха банщиков, представителя городского совета и докторов медицины. В некоторых городах Европы в конце XV в. из числа банщиков учреждались цеха врачей-хирургов (например, в Кёльне).
Научная медицина в средние века была развита слабо. Медицинский опыт перекрещивался с магией, религией. Значительная роль в средневековой медицине отводилась магическим обрядам, воздействию на болезнь посредством символических жестов, «особых» слов, предметов. С XI—XII вв. в целительных магических обрядах появились предметы христианского культа, христианская символика, языческие заклинания перелагались на христианский лад, появились новые христианские формулы, расцвёл культ святых и их мощей. Самым характерным для Средневековья феноменом целительной практики являлись святые и их реликвии. Расцвет культа святых приходится на Высокое и Позднее Средневековье. В Европе насчитывалось более десяти наиболее популярных мест погребения святых, куда стекались тысячи паломников, желающих вернуть себе здоровье. Святым жертвовали дары, страждущие молили святого о помощи, стремились прикоснуться к какой-либо вещи, принадлежавшей святому, соскабливали каменную крошку с надгробий и т. д. С XIII в. оформилась «специализация» святых; примерно половина всего пантеона святых считались патронами определённых болезней.
Помимо исцеления святыми, были распространены амулеты, которые считались важным профилактическим средством. Получили хождение христианские амулеты: медные или железные пластины со строчками из молитв, с именами ангелов, ладанки со святыми мощами, флакончики с водой из священной реки Иордан и т.п. Пользовались и лечебными травами, собирая их в определённое время, в определённом месте, сопровождая определённым ритуалом и заклинаниями. Часто сбор трав приурочивали к христианским праздникам. Кроме того, считалось, что крещение и причащение тоже воздействуют на здоровье человека. В средние века не было такой болезни, против которой не было бы специальных благословений, заклятий и т. д. Целебными считались также вода, хлеб, соль, молоко, мёд, пасхальные яйца.
Больницы появились в Раннее Средневековье, как правило, при церквах и монастырях. Уже в V в. по уставу св. Бенедикта монахам, которые не имели специального образования, вменялось в обязанность лечить и ухаживать за больными. Больницы Раннего Средневековья предназначались не столько для больных, сколько для странников, пилигримов, нищих.
В Высокое Средневековье, с конца XII в., появились больницы, основанные светскими лицами — сеньорами и состоятельными горожанами. Со второй половины XIII в. в ряде городов начался процесс так называемой коммунализации больниц: городские власти стремились участвовать в управлении больницами или полностью взять их в свои руки. Доступ в такие больницы был открыт бюргерам, а также тем, кто внесёт специальный взнос.
Что касается болезней, то это были туберкулёз, малярия, дизентерия, оспа, коклюш, чесотка, различные уродства, нервные болезни. Но бичом Средневековья была бубонная чума. Впервые она появилась в Европе в VIII в. В 1347 г. чума была завезена генуэзскими моряками с Востока и в течение трёх лет распространилась по всему континенту. Незатронутыми остались Нидерланды, чешские, польские, венгерские земли и Русь. Распознавать чуму, как, впрочем, и другие болезни, средневековые врачи не могли, болезнь фиксировалась слишком поздно. Единственный рецепт, использовавшийся населением до XVII в., сводился к латинскому совету cito, longe, targe, то есть бежать из заражённой местности скорее, дальше и возвращаться позже.
Другим бичом Средневековья была лепра (проказа). Появилась болезнь, вероятно, в эпоху Раннего Cредневековья, но пик заболеваемости приходится на XII—XIII вв., совпадая с усилением контактов Европы с Востоком. Больным проказой запрещалось появляться в обществе. пользоваться общественными банями. Для прокажённымх существовали специальные больницы — лепрозории, которые строили за городской чертой, вдоль важных дорог, чтобы больные могли просить милостыню — единственный источник их существования. Латеранский собор (1214) разрешил строить на территории лепрозориев часовни и кладбища для создания замкнутого мира, откуда больной мог выйти только с трещоткой, предупреждая таким образом о своём появлении. В конце XV в. в Европе появился сифилис.
Христианство разработало учение о болезни как следствии греха или испытания. «Медицинская» часть этого учения основывалась на античной теории римского врача Галена (129—199 н.э). Cогласно этой теории, здоровье человека зависит от гармоничного сочетания в его организме четырёх основных жидкостей — крови, слизи, чёрной и жёлтой желчи.
